Film ini diawali dengan beberapa menit cerita DN 1 dan DN 2 tapi dilihat dari sisi L (biasanya khan dari sisi Raito).
Mulai dari saat L memutuskan untuk kembali ke Jepang untuk nangkep Raito, lalu gimana L nulis namanya sendiri di DN, trus juga sesaat sebelum Watari meninggal.
Kemudian, cerita mulai berjalan kecerita setelah Raito berhasil dikalahkan. Yaitu cerita bagaimana L melewati 23 hari sisa hidupnya.
Dia berusaha memecahkan berbagai macam kasus yang dia temui. Setelah kasus yang bertumpuk2 banyaknya itu selesai, L dihadapkan lagi sama kasus tentang virus mematikan yang sengaja diciptain ilmuan untuk memusnahkan sebagian populasi dunia.
Jadinya, L berusaha memecahkan kasus itu dengan dibantu oleh bocah Thailand (Near) kirimannya F, yang tubuhnya punya anti bodi buat menyembuhkan orang yang kena virus itu.
Selain Near, ada juga bocah cewek (terinfeksi virus) yang bersama mereka. Bocah itu adalah anak dari ilmuan yang di bunuh karena berhasil menemukan obat penawarnya.
Akhirnya, jadilah si L baby sitter dari bocah2 tadi. Mereka bertiga berusaha cari ilmuan lain, yang kemungkinan juga bisa menciptakan ramuan penawarnya.
Karena itu, L dan kedua bocah itu dikejar2 sama K (orang jahat yang mau nyebarin virus itu ke seluruh dunia).
Sampe2, markas L berhasil dibongkar, semua akses ke data2nya dirusak sama hacker.
